@echo off

cd /d %~dp0

GenotypeHarmonizer.bat --inputType SHAPEIT2 --input .\exampleData\hapmap3CeuChr20B37Mb6RandomStrand --update-id --outputType SHAPEIT2 --output .\exampleOutput\shapeit2ExampleOut --refType VCF --ref .\exampleData\1000gCeuChr20Mb6 --forceChr 20

